1、法定补偿标准的缺失导致集体土地上房子拆迁补偿随便性很大。

国内《土地管理法》第四十七条2、第三款对耕地征用的补偿费，安置补助费进行了规定并有具体的计算标准，但对因土地征用而引起的农民在宅基地上自建房子的拆迁却没补偿标准。日常，一般是由政府参照《城市房子拆迁管理条例》及《细节》进行补偿，因为城市国有土地上的房子和农村集体土地上的房子在土地所有权性质、所有权主体、土地管理方法与拆迁安置对象等方面均有差异，所以，《城市房子拆迁管理条例》并不具备直接的参照性，致使在实行过程中，各级政府拟定的补偿标准随便性非常大，拆迁程序和补偿标准十分混乱。这种随便性不但导致了补偿标准不统一，也导致了补偿标准的不合理性，因此也就不可防止地产生了很多纠纷，不只很大地影响了党和政府的声誉，也直接影响了拆迁的进程和效率。在一些区域，政府为了引进投资，拟定较低的补偿标准，以牺牲农民的利益换取所谓的投资环境，使农民的利益得不到应有保护。法定补偿标准的缺失致使此类纠纷矛盾尖锐，处置困难程度加强。

2、对拆迁中农民的私有财产权保护不够。

农民通过宅基地依法获得集体土地的用法权，农民在宅基地上所建的房子属农民私有财产是无可非议的。但在征用农村集体土地的日常，因为缺少相应的法律规范对农村集体土地征用补偿法律关系进行明确的界定和规范，地方政府与村组签订《土地征用协议书》，协议中却将是农民私有财产的房子一同处分。这种协议将私产与公产混为一谈，其违法性显而易见。从法理而论，房子作为农民的私有财产，农民是房子所有权的主体，只能由农民自己进行处分，所以关于集体土地上房子拆迁的补偿应从土地征用补偿中离别出来。

同时，房子拆迁补偿协议作为一种民事法律关系，应当由拆迁人和被拆迁人协商一致达成补偿协议。但因为国内《土地管理法》将集体土地上的房子纳入到了土地征用补偿之中，房子所有权主体作为被拆迁人不直接参与协商，对被拆迁人的房子进行价格评估亦不公告被拆迁人到场，而是由拆迁人单方指定的评估机构进行评估，有关拆迁补偿和安置一般是由开发商一方说了算，协议中的一些规定是霸王条约，加之一些地方政府为了“优化”当地投资环境，加强了行政权力的介入，被拆迁人无论是不是赞同都得拆，剥夺了农民作为被拆迁人在整个拆迁过程中表达自己意愿、维护自己权益的机会，紧急侵害了被拆迁人的权益。事实上，一揽子包含在土地征用费中的房子拆迁安置补偿费就是农民作为被拆迁人时丧失房子所有权的对价，他们对此岂能没发言权？这显然违反了民法上的意思自治原则，更不可以体现拆迁人与被拆迁人作为法律意义上的平等主体关系。

3、房子所有人和第三人合法权益得不到保障。

集体土地上的房子拆迁和城市房子拆迁一样，涉及不少法律关系。如拆迁居住房子涉及的搬迁补助费、过渡期内的临时安置费，拆迁农村集体经济组织以土地用权入股联营等形式与其他单位、个人一同开办的企业所有些非居住房子涉及的补偿费问题及因拆迁导致的停产、停业损失及预期收益的补偿问题，对借助宅基地内自建房子从事生产经营并持工商营业执照房子的拆迁安置问题，拆迁农房出租户时涉及的出租法律关系等等，其中既涉及房子所有权人的权益，同时又涉及房子所有人以外第三人的权益。因为国内现在尚无明确的法律、法规对上述问题进行规范、相当一部分区域对上述问题比较忽略，在实质拆迁时，只将房子作为集体土地上的附着物进行补偿，并不细化区别农村房子的作用、性质及有关的权利，紧急损害了房子所有人和第三人的合法权益。对任何私人房子的拆迁都需要给予适当的补偿，这是国际通行的一条基本准则。国家进步势必要征用土地，城市化建设需要进行拆迁，拆迁就需要补偿。同时，无论是对城市居民还是对农民，拆迁补偿均应该是公平适当的。假如可以给予公平适当的补偿，国家经济建设、城市进步便不会导致更大的社会矛盾和利益冲突，这是迫切需要解决的要紧问题。

4、剥夺了农民作为被拆迁人时的诉权。

因为国内《土地管理法》并没将农民的房子从土地征用中离别出来，而是将它包括在“地上附着物”中，所以在具体操作时，征地单位一般是将土地补偿费及“地上附着物”补偿费根据补偿策略一揽子支付给政府或村组，关于补偿策略又是政府或村组与征地单位协商。依据《土地管理法》的规定，补偿策略要经有关政府批准，对补偿策略有异议或不可以达成共识的，由政府部门处置。从法理而言，当一个私权利遭到另一个私权利侵犯时，当事人一方或双方可以采取到法院提起民事诉讼等方法去解决，而当私权利遭到公权侵犯时，只有一个方法，就是提请行政复议和提起行政诉讼，告的需要是具体行政行为，由于在国内当事人不可以起诉政府的抽象行政行为，同时，依据国内《行政诉讼法》的有关规定，被征用方与征用方就征用补偿有关问题达不成协议，对行政裁决又不服，可以向人民法院提起行政诉讼。因为农民个体作为被拆迁人时不是土地征用的一方当事人，所以就不可以行使这种诉权，农民只能被迫同意政府裁决的策略