答：应综合依据该协议的内容进行剖析断定。从以房顶抵工程款的协议看，当事人约定的是用房子顶抵已欠工程款。依据有关司法讲解的精神不论施合同是不是有效，发包人都负有支付工程价款的义务。该以房顶抵工程款协议为当事人对欠付的工程款进行结算的约定，性质上是发包人于承包人对既存债权债务关系的清理。相较于施工合同，以房顶抵工程款的协议具备相对独立性，依据合同法第九十八条的立法精神，应认定其效力。