与搜查工作中的错误行为的界限

比如，侦查职员依法搜查时没请见证人到场，或者没向被搜查人出示搜查证，搜查妇女身体时不是由女员工进行等，是合法搜查中的错误行为。

与非法搜查为方法的其他犯罪的界限

非法搜查罪一般是以目的行为不构成犯罪为首要条件的，假如行为人出于其他犯罪目的而对别人人身或住宅进行搜查的，应以目的行为吸收非法搜查行为，按目的行为定罪，如定打劫罪。

与非法侵入住宅罪的界限

两者常常具备肯定的牵连关系。当行为人非法侵入别人住宅的目的是为了进行非法搜查时，一般将来一行为吸收前一行为，定非法搜查罪。但，假如前一行为情节恶劣而后一行为情节一般，则以前一行为吸收后一行为，定非法侵入住宅罪。

与打劫罪、偷窃罪、侮辱妇女罪等的界限

后面这类犯罪在客观方面亦可能采取非法搜查的行为，此时非法搜查只是推行其犯罪的方法行为，如偷窃犯罪分子在侵入别人住宅后非法翻箱倒柜、盗走别人珍贵物品的，就包含了非法搜查的牵连行为，此时，假如构成他罪的，应择一重罪即后者定罪科刑。假如不构成他罪，如非法搜查后只是盗取少量财物，但情节恶劣构成犯罪的，则可以以本罪论处，而把其他行为作为本罪的一个量刑情节予以考虑。